Havuz robotları, genellikle üç ana türde filtre sistemini kullanır:

1. Katı Filtreler (Dahili Torba veya Hazne): Birçok havuz robotu, içerisinde bir torba veya hazne bulunan katı filtrasyon sistemleri kullanır. Bu filtre sistemleri, havuzdaki büyük kirleticileri (yapraklar, toz, kum vb.) toplamak için tasarlanmıştır. Kullanım sonrasında bu torba veya hazne kolayca çıkarılır, temizlenir ve tekrar yerine takılır.
2. Katı ve Sıvı Filtrasyon Kombinasyonu: Bazı havuz robotları, sıvı filtrasyon ve katı filtrasyonu birleştiren bir sistem kullanır. Bu tip robotlar, ince partiküllerin yanı sıra büyük kirleticileri de toplamak için tasarlanmıştır. Bu, havuz suyunun daha temiz ve berrak kalmasına yardımcı olur.
3. Çift Filtre Sistemi: Daha gelişmiş havuz robotları, çift filtre sistemlerini kullanabilir. Bu sistemlerde genellikle birincil filtre, büyük partikülleri toplamak için tasarlanmış katı bir filtre iken ikincil filtre, ince partikülleri ve mikroorganizmaları filtrelemek için tasarlanmıştır. Bu, suyun daha ayrıntılı bir temizliğini sağlar.

Havuz robotları, kullanıldıkları ortama ve marka/modeline bağlı olarak farklı filtre sistemlerine sahip olabilirler. Kullanılan filtre sisteminin özellikleri, havuzun boyutu, su kalitesi ve kullanım sıklığı gibi faktörlere bağlı olarak seçilebilir. Havuz sahiplerinin, havuz robotlarını kullanma kılavuzlarını inceleyerek ve üreticinin önerilerini takip ederek doğru filtre sistemini seçmeleri önemlidir.